En las matriculas de actividad no se pueden facturar la primera o alguna cuota a coste 0€. 

No es posible, Directamente hay que saltar la cuota con las fechas del mismo

En este caso el cliente se dio de alta el 01/05/2017. al cliente se le indica que tiene pagada la primera cuota indicando en el campo cuotas abonadas hasta. 31/05/17 con esto le decimos a esa cuota que no genere mes MAYO y que la siguiente cuota será el 01/06/17. para cobrar ya el mes de JUNIO